Amelia February 2012

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Re: [amelia] Running Amelia with parallel processors in Windows

by Matt Blackwell

Hi Isaac, Perhaps this is too simple an answer, but I think you might be missing the "library(Amelia)" call at the beginning of the script. When I add that to the top of the snippet, the code runs clean on my machine. Please let us know if that does not fix the problem. Hope that helps! Cheers, matt. ~~~~~~~~~~~ Matthew Blackwell PhD Candidate Institute for Quantitative Social Science Department of Government Harvard University url: http://www.mattblackwell.org On Monday, February 27, 2012 at 9:44 AM, Matt Blackwell wrote: > Hi Isaac, > > Perhaps this is too simple an answer, but I think you might be missing the "library(Amelia)" call at the beginning of the script. When I add that to the top of the snippet, the code runs clean on my machine. Please let us know if that does not fix the problem. > > Hope that helps! > > Cheers, > matt. > > > ~~~~~~~~~~~ > Matthew Blackwell > PhD Candidate > Institute for Quantitative Social Science > Department of Government > Harvard University > url: http://www.mattblackwell.org > > > On Tuesday, February 21, 2012 at 1:48 PM, Isaac Petersen wrote: > > > Hi, > > > > I want to impute a data set multiple times, but the data set is large so it takes a long time. As a result, I'm trying to run the multiple imputation with parallel processors in Windows, but am having trouble. Here is a quick example: > > > > ###### > > library(foreach) > > library(doSNOW) > > registerDoSNOW(makeCluster(4, type = "SOCK")) > > getDoParWorkers() > > getDoParName() > > getDoParVersion() > > > > data(africa) > > > > iterations <- 4 > > foreach(i = 1:iterations) %dopar% { > > amelia(x = africa, m=1, cs = "country", ts = "year", logs = "gdp_pc") > > } > > ###### > > > > When I run the foreach loop, I receive the following warning > > Error in { : task 1 failed - "could not find function "amelia"" > > > > This is a bizarre error because I have loaded the amelia package and can impute data sets fine outside of the foreach loop. Moreover, if I change %dopar% to %do% to run the imputations in sequence rather than in parallel, the imputations run fine with no errors. How do I get Amelia to impute one data set (m=1) on each of 4 different processors. Finally, how do I combine the data sets after imputing them in parallel -- I assume using the ameliabind() function? How can I do this? > > > > Thanks for all your help. By the way, I'm new to Amelia, so any help would be greatly appreciated! > > -- > > Amelia mailing list served by HUIT > > [Un]Subscribe/View Archive: http://lists.gking.harvard.edu/?info=amelia > > More info about Amelia: http://gking.harvard.edu/amelia > > Amelia mailing list > > Amelia(a)lists.gking.harvard.edu (mailto:Amelia@lists.gking.harvard.edu) > > https://lists.gking.harvard.edu/mailman/listinfo/amelia > > > > > > > >

12 years, 1 month

Amelia to Stata?

by Ken-Hou Lin

Dear Amelia users I'm using Amelia 2 in R to do the multiple imputation. I have successfully run the imputation and saved them into Stata files. Is there any way I can load the completed data sets back to Stata without using the Clarify package? I am asking because Clarify does not support models such as xtmixed, which I'd like to use for my analysis. I'm also not sure whether I can just calculate the coefficients and standard errors by hand when it comes to Multi-level models. Thanks for your help, Ken

12 years, 1 month

Running Amelia with parallel processors in Windows

by Isaac Petersen

Hi, I want to impute a data set multiple times, but the data set is large so it takes a long time. As a result, I'm trying to run the multiple imputation with parallel processors in Windows, but am having trouble. Here is a quick example: ###### library(foreach) library(doSNOW) registerDoSNOW(makeCluster(4, type = "SOCK")) getDoParWorkers() getDoParName() getDoParVersion() data(africa) iterations <- 4 foreach(i = 1:iterations) %dopar% { amelia(x = africa, m=1, cs = "country", ts = "year", logs = "gdp_pc") } ###### When I run the foreach loop, I receive the following warning Error in { : task 1 failed - "could not find function "amelia"" This is a bizarre error because I have loaded the amelia package and can impute data sets fine outside of the foreach loop. Moreover, if I change %dopar% to %do% to run the imputations in sequence rather than in parallel, the imputations run fine with no errors. How do I get Amelia to impute one data set (m=1) on each of 4 different processors. Finally, how do I combine the data sets after imputing them in parallel -- I assume using the ameliabind() function? How can I do this? Thanks for all your help. By the way, I'm new to Amelia, so any help would be greatly appreciated!

12 years, 2 months

impute missing values for treatment variable?

by Prashant

Hi, I have a hopefully quick question: Are there any prohibitions/issues with imputing missing values for a treatment variable in a quasi-exp or exp design (for example somehow treatment status wasn't reported in an observational study or failed to be recorded in an experimental study)? What about the dependent variable? Thank you very much! Prashant

12 years, 2 months

Amelia View Glitch with Interacting Cross-Section

by Michelle Phelps

Hi all. I'm running the AMELIA II program through Amelia View in order to impute some missing TSCS data. The data are state-level variables, running from 1980 to 2010. I have 70 variables and only a handful of them have significant missing data, often in the form of data from decennial censuses (e.g. % urban) that are missing for the intervening years. I would like to set k=2 and interact the cross-sectional IDs with the time spline. The problem is that no matter how I set the interaction (either clicking "interact spline with cross-section" or leaving it un-clicked), the output log shows "intercs = FALSE". Any ideas about what's going wrong? I've posted the full output log below for reference. Also, I currently have the time variable in distance from the mean year (e.g. -15 to 15) rather than in year numbers (e.g. 1980 to 2010). Is this the correct specification for time? Many thanks, Michelle Phelps Ph.D. Candidate Sociology & Social Policy Princeton University amelia(x = getAmelia("amelia.data"), m = 10, idvars = NULL, ts = "time", cs = "state", priors = NULL, lags = NULL, empri = 0, intercs = FALSE, leads = NULL, splinetime = 2, logs = NULL, sqrts = NULL, lgstc = NULL, ords = NULL, noms = c("south", "repgov", "rtws" ), bounds = c(20, 22, 62, 0, 0, 0, 100, 100, 100), max.resample = 1000, tolerance = 1e-04) -- Imputation 1 -- 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 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